一些特殊的乳清蛋白成分还具有特殊的健康益处：
乳铁蛋白：含铁离子的乳清蛋白成分，在人体中可激活自然杀伤细胞（NK cells）和嗜中性粒细胞，促发集落刺激因子（colony-stimulating factor），增强巨噬细胞的免疫功能。
α-乳白蛋白：又名α-乳清蛋白，在乳清蛋白中占比约20%-25%。在小鼠实验中，α-乳白蛋白能增强机体对系统性抗原的免疫反应。
乳脂肪球膜蛋白（MFGM）：母乳中的特殊蛋白之一，包含有膜蛋白，如嗜乳脂蛋白、黄嘌呤氧化还原酶、乳凝集素和粘液素等，它们在人体的营养、免疫等多个方面不可或缺。
β-酪蛋白：酪蛋白存在于母乳中，其中β-酪蛋白是主要存在形式，后者约占母乳中总蛋白的25%。酪蛋白为人体提供生物活性磷酸肽，还能促进肠道对钙的吸收等。
酪蛋白糖巨肽（GMP）：一种含有唾液酸的活性糖肽， 是在干酪制作过程中由凝乳酶水解k-酪蛋白的105与106号残基之间的肽键产生的，溶于乳清中。GMP的一些片段被证实具有抗血栓的作用。 
β-乳球蛋白：牛乳中乳清蛋白的主要成分，约占乳清蛋白的58%，总蛋白的10%-15%。
水解肽：水解肽是面向过敏体质婴幼儿配方奶粉的乳蛋白源。水解肽的品质取决于乳蛋白原料的质量和水解技术。